As duas técnicas são conhecidas como técnicas "fio a fio", pois em ambas os implantes na área receptora (área calva), são realizados um a um, com auxílio de lupas. 
 
A diferença principal se dá na forma como esses enxertos ou unidades foliculares (fios de cabelo) são obtidos para a execução do procedimento.
 
Na técnica clássica, FUT ou "strip", é retirada uma faixa de pele de couro cabeludo, na região posterior da cabeça.

Na sequência, os folículos são dissecados sob os microscópios e preparados individualmente para serem transplantados para a região da calvície. Feito isto, a área doadora é suturada, resultando em uma fina cicatriz que é coberta pelos cabelos.
 
Na técnica FUE, por sua vez, através de punches (espécie de pinçadas) muito delicados e direcionados com um aparelho próprio, o cirurgião extrai cada unidade folicular individualmente.

Aqui, não existe a necessidade de sutura. Ao invés de uma cicatriz linear fina, a área doadora passa a ter cicatrizes muito pequenas, dispersas pelo couro cabeludo. Dessa forma, fica mais fácil manter o cabelo mais curto, sem evidenciar as cicatrizes.

Por esse motivo, a  técnica FUE ficou conhecida como “cirurgia sem cicatriz" (o que não corresponde inteiramente à verdade, pois há cicatrizes).

Como desvantagem, neste procedimento, o paciente precisa raspar o cabelo para a cirurgia. E, em geral, menos fios são implantados por sessão. Quando comparado à técnica clássica (FUT), apresenta um custo maior por sessão.